糀と麹どちらも「こうじ」と読みます。
こうじとは米、麦、大豆等、穀物を蒸したものにこうじ菌を繁殖させたものです。

二種類とも同じ意味で扱われています。
違いは、麹は中国で作られた漢字で、糀は日本で作られた漢字です。

「糀」 は蒸した米にこうじ菌を繁殖させたもの、「麹」 は蒸した麦や大豆にこうじ菌を繁殖させたもの、という意味で使われる事もあります。